Druhé pokračování trilogie Matrix nás opět zavede do temného světa budoucnosti ovládaného stroji. Lidstvo stále trpí v otroctví virtuální reality, z kterého ho může osvobodit jen Vyvolený. Nea s Morpheem a Trinity čeká boj s armádou strojů a jejich arzenálem počítačově...
Neo se společně s Trinity a Morpheem dostává do finálové bitvy proti počítačovým vládcům univerza. Zion je v podstatě dobytou baštou lidského odporu, vzbouřenci přicházejí o jednu loď za druhou a zrada číhá i v jejich řadách. Neo má navíc problém se svojí...